Çölyak hastalığının semptomları değişkendir. Bazı durumlarda etkilenen kişinin hiçbir semptomla karşılaşmaması mümkündür.
En genel belirtiler ishal, kilo kaybı ve genel zayıflama, karın bölgesinde şişme ve ağrı, kusma ve çocuklarda büyüme gecikmesidir. Diğer semptomlar kendilerini kansızlık, kemik erimesi, anormal adet kesilmeleri ve vitamin ya da mineral eksiklikleri gibi bağırsak dışında da gösterebilir. Bazı semptomlar bu hastalıkla ilgili olan patolojilerden kaynaklanabilir. Çölyak hastalığı kendini her zaman aynı şekilde göstermez, ancak çeşitli klinik biçimleri vardır ve bunların teşhis aşamasında göz önünde bulundurulması gerekir. çeşitli klinik belirtileri belirgin mide ve bağırsak semptomlarıyla ortaya çıkan tipik vakalar olarak, ki bu vakalar bugün azınlıktadır, ve semptompları belirgin olmayan kolit (“spastik kolon” olarak da bilinir) ya da oral tedaviye dayanıklı demir eksikliği gibi daha sık rastlanan tipik olmayan vakalar olarak ayrılabilir.
Ayrıca, bariz semptomların bulunmamasına rağmen risk altında olan deneklerde (örneğin çölyaklıların aile bireyleri veya serolojik taramaya tutulan şeker hastaları) bazen teşhis edilen sessiz biçimler de bulunur. Böyle durumlarda semptomların bariz yokluğu hatalı yönlendirmeye neden olur ve tedavi başladıktan sonra hastanın genel sağlığında belirgin bir iyileşme fark edilir. Son olarak, çölyak hastalığıyla ilgili olabilecek dermatit herpetiformis, aftöz stomatit, diyabet, osteoporoz, üreme bozukluğu, tiroid bezi iltihabı, alerjiler, gıda intolaransı ya da nörolojik patoloji gibi bağırsak dışı şikayetlere sahip olan bazı hastalarda bu hastalığın varlığından şüphe edilir. Bazı bireysel durumlarda ki bu durumların azlığı sevindiricidir çölyak hastalığı daha başlangıçta ülser jejunoileitis veya bağırsak lenfoması gibi ciddi komplikasyonlarla varlığını belirtir.